東日本旅客鉄道（JR東日本）が首都圏で連結している普通列車グリーン車は多くが自由席であり、座席定員を超えてもグリーン券が発売されるため、確実に座れる保証はない。グリーン車乗車に際して「デッキ部分であってもグリーン券が必要」という旨の注意書きが車内にある。なお、この規則は首都圏の普通列車に限らず、特急列車を含むJR全線のグリーン車に適用される規則である。
ただし、グリーン車で座れなかった場合は乗務員に申し出て、証明書を発行してもらい、駅の窓口でグリーン券とともに提出すると、払い戻しを受けられる。なお、証明書をもらった（払い戻す予定の）場合、即座に普通車に移る必要があるが、ラッシュ時は普通車との間の扉は封鎖されているため、次の駅に到着後、一旦ホームに降りて移動することになる（乗務員の判断で一時的に扉を開放する時もある）。
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しかし、 払い戻せること自体を知らない、手順を知らず証明書なしで直接駅窓口に行く、または混雑のため下車まで乗務員に会えなかった（探しにも行けなかった）等で、払い戻しできないケースもあり、座れないなら発券しないで欲しいという声も新聞などで取り上げられている。
なお、モバイルSuicaを利用している場合でSuicaグリーン券を購入したが使用しなかった場合は、有効期限内ならば手数料を引かれるが携帯電話の操作のみで払い戻しを受ける事が出来る。